De governance van de MGR is erop gericht de bestuurlijke druk te beperken en de focus van de bestuurlijke aandacht zoveel mogelijk te richten op de kwaliteit en efficiency van de dienstverlening van de modules.

Het algemeen bestuur is het hoogste besluitvormende orgaan binnen de MGR. Zij zijn de eigenaar van de organisatie. Het dagelijks bestuur regelt de besluitvorming over de uitvoering en bereid de besluiten van het algemeen bestuur voor aan de hand van de adviezen van de commissies.

In de commissies zitten wethouders die inhoudelijk betrokken zijn bij het onderwerp vanuit hun portefeuille. Om de adviezen van de commissies goed voor het voetlicht te brengen en de achtergrond toe te lichten, zijn de voorzitters van de commissies aanwezig bij de bestuursvergaderingen.

Samenstelling algemeen bestuur
In het algemeen bestuur zitten de wethouders financiën en/of bedrijfsvoering van de deelnemende gemeenten. Het algemeen bestuur kiest uit haar midden het dagelijks bestuur en een voorzitter.

Samenstelling dagelijks bestuur
Voor de samenstelling van het dagelijks bestuur hebben gemeenten met elkaar de volgende afspraak gemaakt.

In het dagelijks bestuur neemt één wethouder van een grote gemeente (Arnhem), één wethouder van een middelgrote gemeente (Lingewaard, Overbetuwe, Renkum , Rheden, Wageningen en Zevenaar) en één wethouder van de kleinere gemeenten (Doesburg, Duiven, Rozendaal en Westervoort) zitting. Zo worden alle perspectieven binnen de MGR zo goed mogelijk ingebracht.  De voorzitter van het algemeen bestuur is tevens voorzitter van het dagelijks bestuur.

Samenstelling commissies
In de commissies zitten de wethouders verantwoordelijk voor het onderwerp vanuit hun portefeuille, van de gemeenten die deelnemen aan die module.